第三代试管婴儿的弊端是由于该全过程涉及手术过程，有有关的感染风险性、麻醉风险性和出血，卵巢过多刺激综合征也是一种风险性。人工辅助生技术试管婴儿，使精子失去了优胜劣汰竞争机会，可能将带微缺失的Y染色体遗传下去。容易造成流产死胎，先天畸形等缺陷。
第三代试管婴儿技术不仅可以帮助不孕不育夫妻顺利拥有自己的孩子，还可以检查胚胎的遗传情况，判断是否有遗传病或者其他类型的疾病。
第三代试管婴儿的特点是可以做遗传学诊断。它是在胚胎发育到4-8个细胞的小胚胎时，在显微镜下取出1或2个细胞进行遗传学检查，并保持其完整性。在这个过程中有可能对胚胎造成损伤，这是它的弊端。建议根据自己的情况看是否适合做第三代试管婴儿。
第三代试管婴儿的利与弊：
染色体异常的患者，比如夫妇双方或者一方存在染色体异常，或者夫妇一方、双方存在单基因遗传病，都可以给患者进行第三代试管婴儿的助孕。在胚胎植入之前，对胚胎进行遗传学检测，挑选出正常的胚胎，以及不携带致病基因的胚胎，再移植回女性的子宫内，使得她们将来能生育一个正常的宝宝。
所以第三代试管婴儿的优点，主要是帮助有遗传疾病或者染色体异常的夫妇，生育一个正常的后代。但是在对胚胎进行检测的时候，需要取胚胎的细胞来进行活检。少了这些细胞，对孩子将来的发育是否有影响，还需要进行大量的临床研究。
卵子的品质会影响泰国第三代试管婴儿的成功率吗？女人越年轻，卵子的品质越好，例如：活力越强；相反，女人年纪越大，卵子品质越差。超过35岁，卵子品质开始老化，超过38岁成功率不到50%，成功率会打折，会打对折(50%off)，而40岁以上，成功率只有年轻的30%。卵子的品质会影响泰国第三代试管婴儿的成功率吗？来源：北大泰国试管
38岁第三代试管婴儿的弊端卵子的品质好与坏与好多因素有关系。女人越年轻，卵子的品质越好，例如：活力越强；相反，女人年纪越大，卵子品质越差。超过35岁，卵子品质开始老化，超过38岁成功率更低，成功率会打折，而40岁以上，成功率则更低。所以卵子的品质会影响泰国第三代试管婴儿的成功率，不过具体最好还是到医院检查看看。